Trong giai đoạn gió mùa (tháng 6 đến tháng 10 hàng năm), lũ lụt thường xảy ra trên sông Brahmaputra. Việc chặt phá rừng ở thượng nguồn sông đã làm gia tăng mức lũ cũng như lượng đất bị xói mòn ở những khu vực tại vùng hạ lưu, như Công viên quốc gia Kaziranga ở trung tâm Assam. Nhận trận lũ lớn thường xuyên gây ra thiệt hại nghiêm trọng cho mùa màng, của cải và cả mạng sống cư dân trong vùng. Tuy nhiên, những trận lụt theo định kỳ là một hiện tượng tự nhiên có vai trò sinh thái quan trọng vì nó giúp duy trì sự màu mỡ của đất đai ở các thung lũng dọc sông cũng như đảm bảo cho các sinh vật hoang dã sinh sôi.[3][4][5]